Фамилия Пипицов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка звуковое, а не смысловое. Скорее всего, её образовали от прозвища Пипиц, которое давали человеку с необычным, «писклявым» или тонким голосом. В русских говорах слово «пипеть» или «пипикать» означало издавать высокий, прерывистый звук, похожий на писк птенца или мыши. Такие прозвища по голосу — например, Пискун, Пищик, Свистун — встречались часто, а вариант Пипиц закрепился благодаря характерному повтору слогов.

Суффикс -ов в фамилии Пипицов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: сын Пипица. Это значит, что фамилия оформилась в среде, где отчество перешло в наследственное имя — скорее всего, в крестьянской или мещанской среде центральной России не позднее XVII–XVIII веков. Важно, что в фамилии нет «лишних» суффиксов вроде -ин или -ский, что говорит о её простонародном происхождении без привязки к дворянским или церковным кругам.

В ономастических работах Б. Унбегауна и В. Никонова фамилии на базе звукоподражательных корней обычно относят к «прозвищным», образованным от личных наблюдений за человеком. Прямых упоминаний фамилии Пипицов в исторических документах нет, но её однокоренные аналоги — Пипин, Пипичев, Пипикин — встречаются в переписях XIX века в Тверской и Ярославской губерниях. Это даёт основания предполагать, что предки носителей фамилии жили в Верхневолжье.

Есть и более прозаичная версия: Пипиц могло быть искажением фамилии Пипин или Пипинцев, возникшим в результате «упрощения» произношения в диалектной среде. Однако она менее вероятна, так как в этом случае мы бы видели больше вариантов с разными суффиксами, а Пипицов стоит особняком. Главное, что фамилия не связана ни с каким ремеслом или географическим названием — её корень чисто бытовой, звуковой, и это делает её уникальной среди сотен тысяч русских фамилий.