Фамилия Пипуныров — один из тех редких случаев, когда корень слова почти наверняка звукоподражательный, а не именной или профессиональный. Основа «пипун» в русских говорах имела несколько значений, но все они так или иначе связаны с птицами или с невнятной, быстрой речью. В диалектах Вологодской и Архангельской областей «пипуном» называли птенца или маленькую птичку, чаще всего — того, кто только учится пищать. Вторая версия, менее распространённая, но логичная: «пипун» — человек, который говорит быстро, неразборчиво, «пипикает», то есть тараторит. Оба значения укладываются в модель образования прозвищ от глаголов звукоподражания (ср. «пищать», «пикать»).

Суффикс -ыр- в этой фамилии — редкий и показательный. В русской антропонимии он встречается в основном в северных и северо-западных регионах, часто в прозвищах, образованных от глаголов: «топырить» → Топырин, «кувыркать» → Кувыркин. В случае Пипунырова мы видим цепочку: пипун → Пипуныр (тот, кто связан с пипуном, возможно, обладатель соответствующей черты или птичник) → Пипуныров. То есть суффикс -ыр- выполнял роль дополнительного прозвищного форманта, а затем к нему добавился стандартный патронимический суффикс -ов. Такая многоступенчатая модель встречается нечасто и говорит о том, что прозвище могло быть очень старым, закрепившимся в одной местности.

Географически фамилия тяготеет к северу европейской части России. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках следы Пипуныровых заметны в Вятской и Пермской губерниях, а также в Заонежье. Это косвенно подтверждает версию о диалектном происхождении: именно в этих краях слово «пипун» фиксируется в говорах. Социальный состав носителей, судя по доступным данным, был крестьянским — никаких дворянских родов с такой фамилией не известно.

Интересно, что фамилия практически не имеет однокоренных «собратьев» в официальных списках. Пипунов встречается чаще, но Пипуныров — почти уникальный вариант. Это позволяет предположить, что в какой-то момент прозвище «Пипуныр» закрепилось за конкретным родом и не распалось на более простые формы. Иными словами, человек с фамилией Пипуныров — потомок того самого «пипуна», которого в деревне дразнили за говор или за возню с птицей, и прозвище оказалось настолько цепким, что пережило века.