Фамилия Пиргалин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Она не вписывается в распространённые модели русских фамилий от церковных имён или названий профессий, поэтому её корни стоит искать в тюркских языках и, вероятнее всего, в башкирской или татарской среде.

Основа фамилии — слово «пиргал», которое восходит к тюркскому «биргали» (бирь — «дай», гали — «возвышенный», «великий»). Это составное имя, популярное у башкир и татар, где первая часть часто трансформировалась в «пир» под влиянием диалектов. Таким образом, Пиргалин — это отчество, образованное от мужского имени Пиргал (или Биргали). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пиргалин, то есть «сын Пиргала».

Географически фамилия тяготеет к южному Уралу и Зауралью. В переписях и метрических книгах Оренбургской, Уфимской и Пермской губерний XIX века встречаются носители фамилии среди тептярей и башкир. Встречаются варианты написания: Пиргалин, Биргалин, Пиргалиев. Последний вариант — с суффиксом -ев — более характерен для татарских фамилий, тогда как -ин типичен для русского оформления тюркских основ.

В социальном плане предки Пиргалиных, скорее всего, были рядовыми общинниками, не принадлежавшими к дворянству. Фамилия не фиксируется в родословных книгах российского дворянства, что указывает на крестьянское или казачье происхождение. В башкирской среде носители фамилии могли быть вотчинниками, владевшими землёй на правах общины.

Есть и менее правдоподобная версия, связывающая фамилию с диалектным русским словом «пирга» (вид лодки или челнока). Но она слабая: во-первых, слово «пирга» крайне локально и малоупотребительно, во-вторых, фамилия с таким корнем не встречается в центральных и северных русских регионах, где лодки называли иначе. Тюркская версия и по географии, и по словообразованию убедительнее.

Сегодня фамилия Пиргалин остаётся редкой. Её носители живут в Башкортостане, Татарстане, а также в Челябинской и Оренбургской областях. Встречается она и в Казахстане, куда переселялись башкиры и татары в XIX—XX веках.