Фамилия Пижорайтис — наглядный пример того, как один суффикс может рассказать о происхождении человека точнее, чем корень. Почти наверняка это литовская фамилия, и указывает она не на занятие или прозвище, а на место, откуда родом её первый носитель. Суффикс -айтис (-aitis) в литовской ономастике — типичный патронимический или, чаще, посессивный показатель, обозначающий «сын такого-то» или «выходец из такого-то места». В русской передаче он часто упрощается до -айтис, хотя в оригинале мог звучать иначе.

Основа фамилии — «Пижор». Скорее всего, это искажённое или адаптированное литовское слово или топоним. Самое прямое предположение — связь с литовским «pyžti» (пахнуть гарью, горелым) или «pyžas» (сажа, копоть). Тогда прозвище Пижора мог получить человек с тёмным цветом лица, работающий у печи или в кузнице. Однако для фамилии на -айтис такая бытовая версия менее характерна. Гораздо правдоподобнее, что Пижора — это название хутора, усадьбы или небольшого местечка. В Литве существует ряд топонимов с корнем «Pyž-» (например, деревня Pyžai). В таком случае Пижорайтис — это «тот, кто из Пижор» или «сын хозяина Пижор».

В XIX веке, после отмены крепостного права, многие литовские крестьяне получили фамилии именно по такому принципу: от названия родного хутора или деревни, где жила семья. Фамилия Пижорайтис — типичный представитель этой модели. Она не дворянская и не городская, а крестьянская, северо-западного происхождения (территория современной Литвы и бывшей Ковенской губернии). Встречается она редко, что подтверждает её узкую локальную привязку: носители, вероятно, происходят из одного или нескольких соседних сёл.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то в Литве существуют варианты Пижорас (Pyžoras) — без патронимического суффикса, а также Пижявичюс (Pyžavičius) — с другим суффиксом. В русском контексте фамилия Пижорайтис осталась почти без изменений, что говорит о поздней фиксации (вторая половина XIX века) и о том, что её носители не были массово переселены вглубь России. Так что предки человека с этой фамилией — скорее всего, литовские крестьяне-земледельцы, жившие на хуторе с названием, напоминающим о запахе гари или тёмном цвете почвы.