Фамилия Пхмутова — редкий случай в русской ономастике, и её разбор требует осторожности. Основа фамилии — «пхмут» — не имеет очевидных параллелей в славянских языках. Скорее всего, перед нами искажённое или адаптированное на русской почве иноязычное прозвище.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В тюркских языках есть основа «бухмут» или «бугмут», означающая «смутный», «пасмурный», «хмурый». При переходе в русскую речь начальный звук «б» мог оглушиться до «п», а гласная «у» выпасть или редуцироваться, дав форму «пхмут». Таким образом, Пхмутовы — потомки человека по прозвищу Пхмут, то есть «угрюмый», «неприветливый». Женская форма Пхмутова образована стандартным русским суффиксом -ов-.

Альтернативная, но менее убедительная гипотеза — фамилия могла возникнуть из-за ошибки писаря при записи более распространённой фамилии, например, Пахмутов или Хмутов. Однако отсутствие массовых однотипных искажений в документах делает эту версию слабой. Суффикс -ов- указывает на принадлежность (буквально «сын Пхмута») и типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ.

География фамилии, судя по открытым данным, крайне узкая — единичные носители встречаются в центральной России и Поволжье, что подтверждает её локальное, возможно, даже однородовое происхождение. Социальный статус предков, скорее всего, крестьянский или мещанский — прозвища такого типа редко встречались в дворянской среде.

Таким образом, фамилия Пхмутова — это адаптированное тюркское прозвище, закрепившееся в русской среде через оглушение и редукцию звуков. Она рассказывает о предке, которого окружающие запомнили как человека с невесёлым, пасмурным нравом.