Фамилия Пнечгун — один из тех редких случаев, когда написание обманчиво. На первый взгляд она кажется сложной и даже искусственной, но на самом деле перед нами фонетическая запись прозвища, которое в старых документах могло выглядеть иначе. Скорее всего, исходная форма — Пнечгун или Пнеч-Гун, где первая часть связана со словом «пень», а вторая — с диалектным «гун» или «гуня».

В русских говорах «гуня» означало худую, изношенную одежду, ветошь, а также неряху или неопрятного человека. В некоторых областях «гун» — это гул, шум, но в сочетании с «пнеч» (от «пень», «пенёк») прозвище могло получить ироничный или уничижительный смысл. «Пнечгун» — человек, который как пень, одетый в лохмотья; или же тот, кто «пнём гудит» — то есть глухо, невнятно говорит. Вторая версия менее вероятна, но фонетически возможна.

Суффикса в фамилии нет — она застыла в форме прозвища. Окончание -ун типично для русских прозвищ, обозначающих деятеля по характерному действию или признаку: врун, бегун, говорун. Пнечгун образовано по той же модели, но основа составная, что редкость. Фамилии такого типа (Печкур, Пеньков, Гунин) встречаются, но Пнечгун — единичный случай, скорее всего, локальный.

Вероятно, фамилия возникла в среде крестьянства или ремесленников центральной или северной России, где диалектная лексика была особенно богата. Носитель прозвища мог быть небрежным в одежде, работать с пнями (корчевка леса) или обладать глухим голосом. В любом случае, перед нами живое, не книжное образование — прозвище, которое не переосмыслили, а записали на слух.