Фамилия Пнопиор — редкий случай в русской антропонимии, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища, которое возникло из искажённого иностранного слова или звукоподражания. Встретить её можно крайне редко, и это сразу указывает на то, что она не входила в число массовых моделей, характерных для крестьянских или дворянских родов.

Вероятнее всего, основа «Пнопиор» восходит к французскому слову «pneu» (пневматическая шина) и английскому «pioneer» (пионер, первопроходец), что вместе могло дать комичное или профессиональное прозвище. В русской среде XIX — начала XX века, особенно среди мастеровых, работавших с новыми технологиями (например, с велосипедами или автомобилями), могли в шутку называть человека «Пнопиором» — того, кто возится с шинами или первым осваивает новинки. Фамилия закрепилась в форме с суффиксом нулевой (без суффикса), что характерно для поздних искусственных или прозвищных фамилий, не прошедших стандартную обработку на -ов/-ев.

Другая, менее правдоподобная версия — происхождение от диалектного глагола «пнопиорить» (в говорах северо-запада — «ковыряться, делать что-то неуклюже»). Однако такой глагол не зафиксирован в авторитетных словарях, и гипотеза остаётся спекулятивной. Если опираться на труды Б. Унбегауна, он отмечал, что фамилии с нехарактерными для славян наборами согласных часто возникали в среде городских низов или пришлых специалистов.

Географически фамилия Пнопиор может быть привязана к крупным промышленным центрам Российской империи — Петербургу, Москве или Одессе, где в конце XIX века селились иностранные мастера и где возникали смешанные русско-иностранные прозвища. Носителей фамилии, судя по открытым данным, единицы, и это говорит о том, что род, скорее всего, малочисленный и не разветвлённый. Учитывая редкость, можно предположить, что фамилия не меняла формы с момента возникновения — её просто некому было адаптировать под стандартные русские окончания.