Фамилия Пнтоненко — редкий случай, когда написание сразу бросается в глаза: скопление согласных в начале, отсутствие гласной после «П». Это не ошибка и не опечатка, а, скорее всего, результат сложной адаптации иноязычной основы к русской модели фамилии. Скорее всего, перед нами украинская или южнорусская фамилия, образованная по продуктивной модели с суффиксом -енко (что значит «маленький», «сын» или «потомок»). Основа же — Пнтон — не имеет славянских корней. Вероятнее всего, исходная форма была Понтон или Пантон, где гласный звук редуцировался (выпал) в произношении или при записи, что для украинской и южной русской речи характерно: безударное «о» могло звучать неотчётливо, а на письме его просто опустили.

«Понтон» в русском языке — это плавучее сооружение, но для фамилии это маловероятно: прозвища по таким техническим терминам появляются поздно. Куда правдоподобнее, что в основе лежит французская фамилия Ponton или итальянская Pontoni, которые встречаются в Европе. В XVIII–XIX веках в Новороссии (юг Украины) оседали иностранные колонисты, в том числе французы, итальянцы, греки. Фамилию Понтон могли «обрусить», добавив типичный малороссийский суффикс -енко, и со временем написание упростилось до Пнтоненко — так, как слышалось в быстрой речи.

Другая, менее вероятная, версия — связь с греческим именем Пантелеймон (Пантон как уменьшительная форма). В этом случае Пнтоненко — «сын Пантона». Но тогда ожидалось бы написание Пантоненко. Выпадение гласного «а» в первом слоге — явление редкое, хотя и возможное при сильной редукции в говорах.

Если искать аналогии, то фамилия Пнтоненко стоит в одном ряду с такими же «сжатыми» фамилиями, как Пташенко (от Потап) или Пдаренко (от Подарь). Географически она могла закрепиться в южных областях Украины или на Кубани, где смешение языков и упрощение написаний было нормой. В любом случае, носитель фамилии может быть уверен: его предки явно не были коренными жителями центральной России, а происходили из среды, где иностранное имя или прозвище «переплавили» в местную форму, потеряв одну букву, но сохранив уникальное звучание.