Фамилия Побатина — женская форма, мужской вариант — Побатин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Побата. Разбор суффикса —ин указывает на принадлежность: Побатина буквально значит «дочь (или жена) Побаты». Такая модель типична для центральной и северной России.

Корень «побат-» неочевиден и вызывает споры. Самая вероятная версия — диалектное слово «побатать», означавшее «поболтать, поговорить», а в некоторых говорах — «постучать, поколотить». Прозвище Побата могли дать говорливому человеку, либо, наоборот, тому, кто работал с шумом — например, бондарю или кузнецу. Альтернативная гипотеза связывает основу с «батя» (отец) через приставку по-: Побата — тот, кто похож на отца, батю. Но эта версия слабее: суффикс —а в прозвищах чаще образуется от глагольных корней, а не от родственных терминов.

Фамилия редкая, встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что указывает на позднее закрепление — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам. В дореволюционных переписях Побатины могли записываться как Побатовы (с суффиксом —ов), но вариант на —ин прижился в тех регионах, где был распространён вопрос «чей?»: Чей сын? — Побатин.

О сословной принадлежности предков сказать определённо нельзя: фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, что делает наиболее вероятным крестьянское или мещанское происхождение. География бытования подтверждает это — Побатины жили в сёлах и рабочих посёлках при заводах.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Побатов, Побатюк) показывает, что исходное прозвище было не уникальным, а типовым для нескольких регионов, но именно форма Побатин сохранилась в узком ареале.