Фамилия Подкуйченко — одна из тех, чья география и словообразовательная модель говорят громче, чем прозрачная на первый взгляд основа. Это типичная украинская фамилия на -енко, что в переводе означает «маленький» или «сын» (Подкуйченко — сын Подкуйка). Суффикс -енко доминирует в центральных и восточных областях Украины, особенно в бывших казацких землях Полтавщины, Черкащины и Слобожанщины. Именно там фамилия Подкуйченко встречается чаще всего, что подтверждается данными современных метрических записей и реестров XIX века.

Корень «Подкуй-» — явно прозвищного происхождения. В основе лежит глагол «подкувати» (подковать). В украинском языке «підкувати» означает не только действие кузнеца, но и переносно — обмануть, перехитрить, «подковать» кого-то в споре или деле. Прозвище Подкуйко могли дать либо ловкому кузнецу, который умел подковать любую лошадь, либо хитрому человеку, которого трудно провести. Вариант «Подкуйченко» — это уже патроним от такого прозвища: «чей сын?» — Подкуйченко.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -енко, образованных от крестильных имён (Иваненко, Петренко), Подкуйченко идёт от мирского прозвища, связанного с ремеслом или чертой характера. Это делает её более «народной», не привязанной к церковной традиции. В сословном плане носители такой фамилии в XVIII—XIX веках почти наверняка были казаками или крестьянами, а не дворянами — дворянские фамилии в этом регионе чаще оканчивались на -ский.

Редкий случай: если бы фамилия возникла в русской среде, она звучала бы как Подкуев или Подкуйкин. Но украинская модель -енко чётко указывает на происхождение из малороссийских губерний Российской империи. Спорных версий у фамилии практически нет — корень слишком конкретный, чтобы допускать многозначность.