Фамилия Подниколенко — один из тех случаев, где разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Типичное окончание -енко указывает на украинское происхождение: такие фамилии массово формировались в Поднепровье, Слобожанщине и на юге России в XVI–XVIII веках. Суффикс -енко в украинской ономастике — показатель патронима, то есть «сын такого-то» или «потомок такого-то». Однако перед нами не просто «Николенко», а «Подниколенко». Эта приставка «Под-» меняет всю картину.

Первая и самая вероятная версия: основа «Подникола» или «Подникол» — это прозвище по месту жительства. В украинских говорах «під Миколою» означало «под (церковью) Святого Николая» или «под селом/хутором Николаевкой». Человек мог жить у подножия холма, на котором стояла Никольская церковь, или в приходе, носившем имя святого. Соответственно, Подниколенко — «сын того, кто живет под Никольским храмом». Такая модель образования не редкость: ср. Поддубенко (под дубом), Подгоренко (под горой). Здесь географическая привязка, а не прямое отчество.

Вторая версия, менее распространённая, но тоже возможная: прозвище «Подникола» могло означать человека, который работал «под началом» у некоего Николы — батрака, подмастерья, младшего в артели. Однако для украинской традиции более характерно образование патронимов напрямую от имени (Николенко, Миколенко), а приставка «Под-» скорее указывает на пространственное отношение, чем на социальное.

Фамилия недвусмысленно украинская, с чётким суффиксальным показателем. В России она встречается в южных областях — Краснодарском крае, Ростовской области, а также среди потомков переселенцев в Сибири. В письменных источниках XVIII–XIX веков подобные фамилии фиксировались в реестрах казаков и крестьян Левобережной Украины. Сословная принадлежность предков — скорее всего, казачья или крестьянская: дворянские фамилии с суффиксом -енко редки и обычно имеют другую словообразовательную модель.

Корень «Никол-» восходит к греческому имени Николай (Νικόλαος — «победитель народов»). Христианский святой Николай Мирликийский был чрезвычайно почитаем на Руси, поэтому имя и его производные легли в основу множества фамилий. Но Подниколенко отличается от них именно этой пространственной приставкой, которая не даёт свести фамилию к простому отчеству.