Фамилия Подтопкин — одна из тех, где прозвище предка почти на поверхности, но не всё так однозначно. Самая прямая версия: её дали человеку, который жил в низине, у воды, где часто подтапливало, или тому, чей дом регулярно заливало паводком. В северных и центральных губерниях России «подтопком» называли низкое сырое место, а «подтопить» значило затопить. Фамилия могла закрепиться за крестьянином, чей участок весной уходил под воду, или за тем, кто жил у подножия холма, где скапливалась влага.

Модель образования типична для русских фамилий на -ин: от основы «Подтопк-» (прозвище Подтопок) плюс притяжательный суффикс, указывающий на принадлежность роду. Суффикс -ин обычно присоединялся к основам на -а, -я, но здесь — к основе на твёрдый согласный, что встречается реже и может говорить о диалектном произношении: в говорах «Подтопок» звучало как «Подтопка» (ср. «Петя» — «Петин»). Второй вариант — прозвище Подтопка (от глагола «подтоптать»), но он менее вероятен: для «топтать» логичнее фамилии вроде Топталов или Подтопталкин.

Спорный корень — «топ» в значении «вершина». Теоретически «подтопок» мог означать «находящийся под верхушкой», но это натяжка: в русской ономастике нет устойчивого прозвища с таким смыслом, а связь с водой и сыростью подтверждается сотнями фамилий (Подтопельников, Подтоптанников — от «топь»). Географически фамилия редкая, встречается в основном в Вологодской и Архангельской областях, где болота и разливы рек — обычное дело. В дореволюционных переписях Подтопкины — почти всегда государственные крестьяне, землепашцы на неудобных землях.

Сравнение с однокоренными показывает, что Подтопкин — не единственная фамилия от «подтопка». Есть Подтопков (с суффиксом -ов) и Подтопельников (от «подтопельник» — болотистое место). Но именно вариант на -ин закрепился в северных говорах, возможно, из-за местной традиции: в тех краях фамилии на -ин часто образовывали от прозвищ с конечным -ко (Тимошка — Тимошкин, Подтопко — Подтопкин). Так что предок, скорее всего, был не просто «подтопленным», а именно Подтопком — человеком, чья жизнь проходила у воды, на мокрой земле.