Фамилия Подтунченко — редкий случай, когда географический акцент в суффиксе спорит с лексическим значением корня. На слух она звучит как типичная украинская фамилия на -енко, которых в XIX веке было особенно много на Левобережье и Слобожанщине. Суффикс -енко в украинской ономастике означал «сын» или «потомок» (малый, молодой), и в этой модели Подтунченко — это «сын Подтунка» или «потомок Подтунчи».

Корень «подтунк-» — тёмный и неочевидный. Самое прямое объяснение лежит в диалектном глаголе или прозвище. В южнорусских и украинских говорах слово «тункать» или «тункнуть» означало стучать, ударять, издавать глухой звук. «Подтунчивать» могло значить «поддакивать», «вторить» или «подстукивать». Тогда прозвище Подтунок или Подтунко — человек, который поддакивает, подпевает, либо тот, кто работает с чем-то стучащим (например, бондарь, кузнец или плотник, подгоняющий детали). Фамилия Подтунченко, таким образом, происходит от прозвища отца: Подтунко — «поддакивающий» или «подбивающий», а его сын стал Подтунченко.

Версия с географическим названием менее вероятна, но возможна. На карте Украины нет крупных населённых пунктов с основой «Подтун-», однако в микротопонимике (названиях хуторов, урочищ, балок) такое слово могло закрепиться от фамилии владельца или от местного диалектного слова. Если предположить, что основа «тун» — это искажённое «тын» (забор, плетень), то «подтынченко» — человек, живущий «под тыном», то есть на окраине, в бедном месте. Но фонетически переход «ы» в «у» в украинских говорах нерегулярен, а написание «Подтунченко» устойчиво, что склоняет к первой версии — прозвищной.

Социальный контекст фамилии типичен для казацкой или крестьянской среды Украины XVIII–XIX веков. Фамилии на -енко редко встречались у шляхты; это маркер свободного или зависимого сельского населения, ремесленников, казаков. Носитель фамилии Подтунченко, скорее всего, происходил из семьи, где прозвище закрепилось за родоначальником-тружеником — возможно, бондарем, столяром или просто человеком с характерной манерой говорить (поддакивать). Фамилия не получила широкого распространения, что говорит о её локальном характере: она могла возникнуть в одном селе или хуторе и остаться в пределах нескольких поколений.