Фамилия Подумис — редкий случай в русской ономастике, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, перед нами искусственная фамилия, образованная по польской или западнорусской модели. Суффикс -ис характерен для фамилий на территории бывшей Речи Посполитой (сравните: Пономарис, Куксис), где он мог заменять более привычные русские окончания. Основа «подум-» прямо указывает на глагол «подумать» или существительное «дума». В таком случае фамилию могли дать семинаристу или канцеляристу — человеку, чья служба требовала размышлений и осмотрительности. Семинарские фамилии часто создавали искусственно, переводя личные качества на латынь или польский манер, и Подумис могло быть калькой с латинского Cogitatus («мыслящий»).

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть из прозвища Подума, которое давали медлительному, неторопливому человеку, который всё делал с оглядкой. В русских говорах слово «подума» фиксировалось в значении «размышление, сомнение». Тогда суффикс -ис — это адаптация прозвища под польскую или украинскую фамильную норму, что нередко случалось на землях Смоленщины, Белоруссии или Подолья.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Подумис стоит особняком. Более распространённые Подумов, Подумаев, Подушкин образованы от тех же корней, но с типичными русскими суффиксами. Вариант на -ис говорит либо о позднем закреплении фамилии (XVIII–XIX века, когда в моду вошли «благородные» польские окончания), либо о том, что носители фамилии жили на этническом пограничье. В метрических книгах XIX века Подумис встречается единично, преимущественно у мещан и однодворцев юго-западных губерний.

Точной географической привязки нет, но если опираться на принцип редких фамилий, то наибольшая вероятность найти Подумисов в исторических записях — на территории современной Украины или Белоруссии, где польское влияние на фамилии было сильным. Фамилия не дворянская и не крестьянская в классическом смысле: её носители, скорее всего, принадлежали к городским сословиям или духовенству.