Фамилия Подущенко образована по южнорусской и украинской модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в XVI–XVII веках закрепился как патронимический (указывающий на происхождение от отца), но к XIX веку превратился в фамильный формант, утратив первоначальное значение «сын такого-то». В основе фамилии лежит прозвище или личное имя Подушко, которое, в свою очередь, восходит к слову «подушка».

Связь с предметом обихода не так прямолинейна, как кажется. В славянской ономастике прозвища от названий постельных принадлежностей встречаются редко. Вероятнее, что Подушко — это уменьшительная форма от имени Подух, а оно могло быть производным от крестильного имени Ипполит (в народной переделке — Полит, Политуха). В таком случае Подущенко — «внук Ипполита». Есть и вторая версия: прозвище Подушка могли дать мягкому, неконфликтному человеку или, наоборот, тому, кто любил поспать. В украинских говорах «подушка» иногда означала и нечто надутое, пышное, так что прозвище могло относиться к внешности.

Географически фамилия Подущенко тяготеет к левобережной Украине — Черниговская, Полтавская, Сумская области. Там суффикс -енко особенно распространён. В российских переписях фамилия встречается редко и в основном у потомков переселенцев с Украины. Известных исторических носителей, которые бы вошли в энциклопедии, нет — это типичная фамилия крестьянского или казацкого сословия, не имевшая выхода в дворянские родословные.

Интересная деталь: написание фамилии могло колебаться. В старых метрических книгах встречаются варианты Подущенко и Подущенков (с русифицированным окончанием -ов). Второй вариант — попытка адаптировать украинскую фамилию к русской модели, что часто делали при переезде в центральные губернии. Сегодня основная форма — Подущенко, без дополнительных суффиксов.