Фамилия Подваканян — редкий случай, когда армянское происхождение почти не вызывает споров, но вот значение корня остаётся загадкой. Патронимический суффикс -ян (вариант -ан) указывает на принадлежность: «из рода такого-то». Основа фамилии — Подвака — личное имя или прозвище, которое не встречается в современных армянских именословах.

Скорее всего, мы имеем дело с диалектным или усечённым вариантом. Наиболее правдоподобная версия: Подвака восходит к армянскому «потвак» (պոտվակ) — «пупок», «пуповина», а в переносном смысле «родной», «кровный». В таком случае Подваканян — «потомок того, кого звали Потвак», то есть дитя, младший, любимец. Однако в русской записи начальное «по» могло закрепиться из-за привычного уха «под», отсюда и форма Подваканян вместо Потваканян.

Вторая гипотеза, менее убедительная, связывает основу с тюркским «подвак» — «маленький», «коротышка». Если это так, то прозвище дали невысокому человеку, а фамилия образовалась в среде армян, долго живших в тюркоязычном окружении (например, в Западной Армении или Нахичевани). Но тюркских параллелей к слову «подвак» с таким значением почти нет, и лингвисты эту версию не поддерживают.

Географически фамилия Подваканян тяготеет к бывшей Эриванской губернии и районам исторической Армении, где в XIX веке активно записывали фамилии по русским документам. Форма с суффиксом -ян (а не -ов) говорит о том, что носители не входили в состав русского дворянства и не принимали фамилию через приказную избу — это естественное армянское фамильное окончание, которое сохранилось при переселениях.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Потваканян, Подвакян) показывает, что написание через «д» встречается реже и, возможно, возникло из-за ошибки писаря или адаптации к русской фонетике: звук «т» перед «в» в разговорной речи мог озвончиться. В современной России и Армении фамилия остаётся малочисленной — её носителей не больше нескольких сотен человек, и большинство живёт в Краснодарском крае и Ростовской области, куда армяне переселялись в конце XIX — начале XX века.