Фамилия Подюченко звучит на украинский лад — и это не случайно. Она образована по распространённой в Украине модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок» (Подюченко — «сын Подюка»). Основа здесь — прозвище Подюк, а оно, скорее всего, связано с украинским словом «подюжити» — «осилить, одолеть». В таком случае Подюком могли назвать сильного, выносливого человека или того, кто брался за любую работу и справлялся с ней.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с «подюжеть» (стать дюжим, окрепнуть) или с диалектным «подюжина» — что-то вроде «полдюжины», но это уже натяжка, так как прозвища от чисел в такой форме редки. Другие исследователи видят в основе географическое название — например, село Подюки в Черниговской области, откуда мог выехать родоначальник. Тогда фамилия указывала бы не на черту человека, а на место его прежнего жительства.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто закрепляли за крестьянами после отмены крепостного права, украинские фамилии на -енко складывались раньше и бытовали в среде казачества и мещан. Подюченко — фамилия нечастая, сосредоточена в основном в центральных и северных областях Украины, а также в приграничных регионах России, куда переселялись украинцы. Встречаются варианты написания — Подюченко и изредка Подюченко́ (с ударением на последний слог), но чаще ударение падает на второй слог: Подю́ченко.

Таким образом, предки носителей этой фамилии — скорее всего, выходцы из украинских земель, получившие прозвище за силу или сноровку, либо переселенцы из конкретного села. Точную версию для конкретной семьи может прояснить только изучение местной истории и архивных записей.