Фамилия Пологонский — редкий случай, где суффикс -ский работает не по привычной географической схеме. Обычно -ский указывает на дворянский род или владение (например, Волконский — от реки Волкона), но в этой фамилии он, скорее всего, нарос на прозвище, а не на топоним. Основа «Пологон» — не польский и не украинский вариант, а чисто русское слово, которое сегодня почти вышло из обихода.

Разбираем корень: «полог» — это занавеска, покрывало, навес. В старину «пологон» или «пологонный» могло означать мастера, который ткал или шил пологи, либо человека, торговавшего ими. Вторая версия — прозвище, данное за манеру одеваться или за характер: «пологонный» — скрытный, уклончивый, словно за пологом прячется. В словаре Даля встречается глагол «пологонить» — делать пологим, но это значение не подходит: ударение в фамилии на второй слог, а не на третий.

Суффикс -ский в крестьянской среде мог появиться поздно, в XIX веке, когда фамилии давали по месту рождения или жительства. Если Пологонский — от названия деревни (например, Пологоново, Пологонь), то такой населённый пункт должен был существовать. Поиски по картам показывают, что в России есть несколько урочищ и бывших хуторов с корнем «Пологон» — в основном в южных областях (Воронежская, Ростовская). Там слово «полог» было в ходу из-за степного быта: пологи использовали в кибитках и шатрах. Значит, предок мог быть либо кочевым ремесленником, либо оседлым крестьянином, получившим фамилию по прозвищу отца.

Сравните с однокоренными фамилиями: Пологов, Пологовский, Пологонов. Все они восходят к тому же «пологу», но суффиксы разные. -ов и -ин — типичные для крестьянского сословия, а -ский — более поздний, часто искусственный, придуманный при переписи. Пологонский мог возникнуть, когда писарь «облагородил» крестьянскую фамилию Пологонов, добавив окончание -ский, или когда семья переехала в город и взяла фамилию по новому месту жительства.

Итог: фамилия Пологонский — не дворянская, а ремесленная или прозвищная, с корнем в бытовом слове «полог». Носители — вероятно, выходцы из южнорусских губерний, где пологи были частью повседневной жизни. Других версий, например, связи с польским «polog» (роды), не подтверждается: в польском ударение иное, и фамилия там не фиксируется.