Фамилия Поноженко — яркий пример того, как прозвище, связанное с конкретным ремеслом или орудием труда, закрепилось в потомственном имени. Её основа — украинское или южнорусское слово «понож» или «поножи». В старину так называли ножны — чехол для ножа, а также металлические накладки на голенища сапог (род щитков, защищавших ногу от удара). Следовательно, Поноженко — это «сын Поножа», то есть человек, чей отец имел прозвище Понож. Прозвище могли дать мастеру, делавшему ножны или сапожные накладки, либо воину, который такие накладки носил.

Суффикс -енко типичен для восточной Украины (Полтавщина, Слобожанщина, Черниговщина) и указывает на патронимическое происхождение. В XVII–XVIII веках это был самый массовый способ образования фамилий в казацкой среде. Поноженко — не дворянская и не крестьянская фамилия в классическом понимании, а скорее казацкая или мещанская, что подтверждается её распространением: наибольшая концентрация носителей фиксируется в современных Черкасской, Полтавской и Днепропетровской областях Украины.

Любопытна параллель с фамилией Ноженко (от «нож») — обе образованы по одной модели, но Поноженко стоит особняком из-за приставки «по-», которая в украинских говорах могла означать не только «принадлежность к ножнам», но и «тот, кто при ноже» (сторож, оруженосец). В словаре украинских фамилий Ю. Редько эта модель не выделена в отдельную группу, но по аналогии с фамилиями типа Покотило (от «котити») или Поворозник (от «поворозка» — верёвка) можно предположить, что прозвище Понож могло быть ироничным: так называли человека, который постоянно носил с собой нож, не расставался с ним.

В русском контексте фамилия встречается реже, часто в варианте Поноженков (с русским суффиксом -ов). Это типичный случай адаптации украинской фамилии при переезде носителей в великорусские губернии в XIX веке. Никакой связи с дворянскими родами или древними боярскими фамилиями у Поноженко нет — это чисто ремесленное или бытовое прозвище, которое стало фамилией без промежуточных сословных этапов.