Фамилия Попиначенко происходит от прозвища Попинач, которое, в свою очередь, связано с украинским словом «попинка», означающим «епитрахиль». Епитрахиль — это длинная лента, часть богослужебного облачения священника: она огибает шею и спускается на грудь двумя концами. Изначально это был диаконский орарь, но при рукоположении в священники его перекладывали вторым концом со спины на грудь, а позже концы стали скреплять пуговицами. Без епитрахили священник не может совершать богослужение, поэтому она символизирует благодатные дарования. Логично предположить, что Попиначем называли священника, который эту епитрахиль носил.

Впрочем, есть и другая версия: прозвище могло образоваться от глагола «попинать», и тогда Попиначем звали младенца, который активно пинался ножками. Эта гипотеза менее убедительна, но тоже имеет право на существование, как и третья — о происхождении основателя рода из болгарского села Попина в Силистренской области. Суффикс -енко в фамилии указывает на украинскую модель образования: так обычно называли сына или потомка человека с прозвищем Попинач. Со временем прозвище, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью вытеснило его в повседневной жизни и официальных документах.