Фамилия Попущенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которые в XVII–XIX веках массово формировались в Поднепровье и Слобожанщине. Суффикс -енко изначально означал «маленький» или «сын», то есть Попущенко — буквально «сын Попущенка» или «потомок человека с прозвищем Попущенко». Это типичная «молодая» фамилия, закрепившаяся в крестьянской и казацкой среде.

Основа фамилии — Попущенко — происходит от прозвища Попущенко, а то, в свою очередь, от глагола «попускать» или существительного «попуск». В диалектах юго-западной Руси «попускать» означало «ослаблять», «спускать с привязи», «давать послабление». Прозвище Попущенко могли дать человеку нестрогому, снисходительному, либо тому, кто занимался отпуском скота на пастбище — попускал его. Менее вероятна, но возможна связь с «попуск» — так в некоторых говорах называли спуск, уклон, что могло относиться к месту жительства на склоне.

Обратим внимание на двойной суффикс: -ук- + -енко. Это нечастая модель, где -ук- уже сам по себе был уменьшительным или патронимическим (ср. Попук, Попученко), а затем на него нарастили -енко. Такая форма говорит о вторичном образовании: сначала появилось прозвище Попук (от «поп» или от того же «попускать»), а уж затем — фамилия Попущенко. Впрочем, в украинской ономастике фиксация «Попущенко» встречается в реестрах казаков XVIII века, например, в Полтавском полку — что подтверждает её давнюю местную укоренённость.

Географически фамилия сосредоточена на востоке Украины и в прилегающих областях России (Курская, Белгородская, Воронежская), что совпадает с зоной расселения слобожанских казаков. Носители фамилии — потомки либо казачьей старшины, получившей фамилию по прозвищу, либо крестьян, которым её присвоили при переписях. В отличие от фамилий на -ов/-ин, Попущенко не указывает на род занятий или имя отца напрямую — это чисто прозвищная фамилия, где главное не происхождение, а характер или привычка предка.

В современном русском языке фамилия не склоняется в мужском роде (Попущенко пришёл), а в женском остаётся неизменной. Изредка встречается вариант написания с одной «п» — Попущенко, но это орфографическая ошибка: корень «попуск-» требует двойной согласной в середине.