Фамилия Пранскунас — редкий случай в русском ономастиконе, и её стоит разбирать не с привычных суффиксов -ов или -ин, а с географического и языкового фона. Она явно не восточнославянского происхождения, а литовского или жемайтского. В Литве фамилии на -унас (-ūnas) — одна из самых характерных моделей, особенно на западе страны, в Жемайтии. Суффикс -ūnas в литовском языке часто указывает на принадлежность или происхождение, примерно как русское -ский: «родом из такого-то места» или «сын такого-то». Пранскунас, скорее всего, образована от прозвища или имени Pranskus, которое, в свою очередь, восходит к литовскому prancūzas — «француз». Такое прозвище могли дать человеку, который бывал во Франции, торговал с французами, носил одежду на французский манер или просто имел что-то, что связывали с этой страной.

В XIX веке, после подавления восстаний и русификации, многие литовские фамилии записывались в русских документах с искажениями, но Пранскунас сохранила свою форму почти без изменений — это говорит о том, что носители фамилии либо жили компактно в литовскоязычной среде, либо фамилия была зафиксирована поздно, уже при более точной записи. Встречается она и в современной Литве, и среди литовской диаспоры, а в России — крайне редко, обычно у потомков литовцев, переселившихся в Сибирь или на Дальний Восток в конце XIX — начале XX века.

С точки зрения словообразования, фамилия прозрачна: корень pranc- (француз) + суффикс -usk- (уменьшительная или прозвищная форма) + окончание -as, характерное для мужских фамилий в литовском. В русском контексте окончание -ас читается как -ас, и фамилия не склоняется по падежам — это ещё один признак её иноязычного происхождения. Если бы её русифицировали, могли бы получить Пранскунов или Пранскунин, но этого не произошло.

Другие версии — связь с топонимом Pranskūnai (деревня в Литве) — менее вероятны, так как деревня с таким названием не слишком известна, а прозвищная модель типичнее для литовских фамилий. В любом случае, носитель фамилии Пранскунас почти наверняка имеет литовские корни, а его предки могли быть крестьянами или мещанами, получившими прозвище за связь с «французским» — будь то ремесло, внешность или торговля.