Фамилия Пранулите — редкий случай, когда географическая привязка говорит о происхождении больше, чем морфология. Суффикс -ите однозначно указывает на литовское окончание, характерное для фамилий женского рода в форме множественного числа (как в русском -ы, -и). В Литве фамилии женского рода традиционно образуются от мужской основы с помощью суффиксов -aitė, -ytė, -utė, -iūtė. Пранулите — это форма на -iūtė, которая в русской записи часто теряет диакритические знаки и превращается в -ите. Скорее всего, предок-мужчина носил фамилию Пранулис или Пранулас.

Основа — Pran- — отсылает к личному имени Пранас, литовскому варианту имени Франциск (лат. Franciscus). В литовской традиции имя Пранас было очень распространено, особенно в XIX — начале XX века, среди крестьян и мелкой шляхты. Суффикс -ul- в фамилии — уменьшительно-ласкательный, как в других литовских фамилиях (например, Казюлис от Казимир). Таким образом, исходное прозвище или фамилия Пранулис означала «сынок Пранаса» или «маленький Пранас».

В России фамилия Пранулите встречается почти исключительно в Калининградской области и в северо-западных регионах, куда в советское время переселялись литовцы. В дореволюционных метрических книгах её почти нет — это позднее написание, возникшее при паспортизации уже в XX веке. Интересная деталь: в литовском языке ударение в фамилии падает на первый слог — Пра́нулите, а в русском бытовом произношении нередко смещается на второй. Споров о происхождении здесь нет: лингвистическая картина прозрачна благодаря суффиксу и основе.