Фамилия Пречистенская — одна из тех, что сразу указывает на географию и, скорее всего, на происхождение из духовного сословия. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или прозвищ, эта фамилия — «топонимическая»: её основа — название местности, а точнее, храма или монастыря.

Корень здесь — церковнославянское прилагательное «пречистая», то есть «пребезгрешная», «чистейшая». В православной традиции это устойчивый эпитет Богородицы. Фамилию могли дать в семинарии или духовном училище будущему священнику, который служил в храме, освящённом в честь одного из праздников Пресвятой Богородицы, например, Рождества Пресвятой Богородицы, Успения или Покрова. Но самая прямая ассоциация — с московской улицей Пречистенка (бывшая Большая Чертольская), которая получила своё название в XVII веке по Новодевичьему монастырю, точнее, по его главному собору Смоленской иконы Божией Матери, которую тоже называли «Пречистой». Однако фамилия могла возникнуть и в любом другом городе, где был храм с таким именем.

Суффикс -ск- типичен для «географических» фамилий, особенно тех, что давались в искусственной, книжной среде — в духовных академиях. По той же модели образованы Вознесенский, Рождественский, Троицкий. Окончание -ая указывает на женскую форму, но носительницей могла быть и женщина, и мужчина (в русской традиции такие фамилии склоняются по правилам прилагательных: Пречистенский, Пречистенская). В бытовой речи XIX века фамилия нередко упрощалась до Пречистенский, а в документах встречались варианты с двойным «с» (Пречистеннский) или с буквой «ѣ» (Прѣчистенская) — это наследие дореволюционной орфографии.

Вероятность того, что фамилия принадлежала потомственному дворянину или крестьянину, крайне мала. Это почти наверняка «семинарская» фамилия. В духовных училищах практиковали замену «неблагозвучных» фамилий (вроде Попов или Пьянков) на более возвышенные, связанные с церковными праздниками и именами святых. Так сын дьячка из глухой деревни мог стать Пречистенским, если поступал в семинарию при храме Пречистой Девы. Или же фамилию давали прямо по названию улицы, где жил священник, — в Москве это было особенно распространено.

Встретить Пречистенских сегодня можно по всей России, но наибольшая концентрация исторически должна приходиться на центральные регионы, особенно на Москву и Подмосковье, а также на бывшие губернии с сильными духовными школами (Ярославская, Владимирская, Костромская). Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из среды русского православного духовенства, которое в XVIII–XIX веках и сформировало этот пласт фамилий.