Фамилия Профкояьев — редкий случай, когда на слух почти невозможно угадать её написание. В основе лежит древнерусское нецерковное имя или прозвище Профкояй, которое, в свою очередь, образовано от двух корней: «проф» (вероятно, от «профит» — выгода, польза) и «кояй» (диалектное «коять» — колдовать, ворожить, или «каяться» — раскаиваться). Таким образом, прозвище могло означать «выгодный колдун» или, что менее вероятно, «кающийся в наживе». Впрочем, первая версия выглядит правдоподобнее: в северных говорах «коять» часто означало не столько чёрную магию, сколько хитрость, угадывание, смекалку. Профкояем на Русском Севере могли прозвать удачливого торговца или знахаря, который умел извлечь прибыль из любого дела.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: Профкояев — сын Профкояя. Фамилия закрепилась в форме Профкояьев (с двумя «я») из-за того, что в основе имя Профкояй, а не Профкоя. Двойное «я» — не опечатка, а точная передача исходного прозвища, где второй корень «кояй» даёт притяжательное окончание «-ев». Встречаются варианты Профкояев (с одним «я») — они упрощены при записи в метрических книгах, но исходная форма с двумя «я» исторически верна.

Географически фамилия тяготеет к Архангельской и Вологодской областям, где до сих пор фиксируются носители. В XIX веке Профкояьевы числились в основном среди государственных крестьян и мещан, реже — среди купцов. Сословная принадлежность невысокая: прозвище явно не боярское, а бытовое, из крестьянской или посадской среды.

Однокоренных фамилий почти нет. Известны единичные случаи Профкояйкин (с другим суффиксом) и Профкояйцев, но они ещё реже. Фамилия Профкояьев — один из тех ономастических раритетов, где каждый носитель может считать себя хранителем редкого диалектного слова, почти исчезнувшего из живой речи.