Фамилия Прохаченко — яркий пример того, как украинская словообразовательная модель «съела» исходное имя или прозвище, оставив нам лишь суффикс и корень. Это типичная фамилия на -енко, которая в южнорусских и украинских землях означала «сын такого-то» или «потомок», а со временем стала наследственной, не меняясь по полу.

В основе фамилии лежит личное имя Прохор — древнегреческого происхождения, означающее «запевающий в хоре» или «предводитель хора». В народной речи имя часто сокращали и переделывали: Прох, Проша, Проха. От уменьшительной формы Проха и пошла фамилия: Проха + суффикс -енко = «сын Прохи» (то есть сын человека, которого в быту звали Прохором). Звук «ч» в середине фамилии — результат типичного чередования: в имени Прохор корень оканчивается на -х, но в ласкательной форме «Проха» и при добавлении суффикса произошло смягчение и переход х в ч (как в парах «сухой — сучок» или «тихо — тише»).

Есть и вторая, менее распространённая версия: что корень происходит от глагола прохать (в южных говорах — «просить, клянчить»). В этом случае Прохаченко — потомок человека, имевшего прозвище Проха, то есть «проситель, попрошайка» или, в переносном смысле, назойливый человек. Однако эта гипотеза слабее: прозвища от «просить» встречаются, но обычно в форме Проша или Прошка, а имя Прохор было настолько распространено среди крестьян и казаков, что именно оно — наиболее вероятный источник.

Фамилия Прохаченко почти не встречается за пределами восточной Украины и юга России. Её география — исторические земли Слобожанщины (Харьковская, Сумская области) и прилегающие районы Курской и Воронежской областей. В этих краях в XVIII–XIX веках фамилии на -енко были основным способом маркировать родство, и Прохаченко — одна из многих, что передалась от отца к сыну без изменений, закрепив в звучании имя предка, жившего три-четыре века назад.