Фамилия Прохокина — женская форма фамилии Прохокин, которая образована от мужского личного имени или прозвища Прохока. В основе лежит разговорная форма канонического имени Прокофий (от греческого Прокопиос — «преуспевающий»). В русских говорах имя Прокофий сокращалось до Прохор, Проша, а также до Прохока — вариант, зафиксированный в северных и центральных регионах. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Прохокин, то есть сын или потомок Прохоки.

Редкость фамилии Прохокина объясняется тем, что форма Прохока встречалась реже, чем более распространённые Прохор и Проша. В отличие от фамилий на -ов (Прохоров), которые образовывались от полной формы имени, Прохокин сохранила народный, «домашний» вариант. Если бы фамилия была образована от прозвища, а не от имени, Прохока могло означать человека с особым говором или манерой поведения: в некоторых диалектах «прохока» — бойкий, расторопный, иногда хвастливый человек (сравните с глаголом «прохвастать»). Однако в контексте русской ономастики версия с именем Прокофий надёжнее: она подтверждается типовой моделью, когда усечённые формы имён давали фамилии на -ин.

Географически фамилия Прохокина тяготеет к регионам, где было распространено имя Прокофий и его варианты: Вологодская, Архангельская, Костромская области, а также Поволжье. Встречаемость невысокая, что говорит о локальном бытовании исходного прозвища. Социальный состав носителей — в основном крестьянство и посадские люди, так как фамилии на -ин от усечённых имён характерны именно для этих слоёв, в отличие от дворянских фамилий на -ский.

Однокоренные фамилии — Прохоров, Прохоренко, Прохоркин, Прохоков — показывают, как одна и та же основа обрастала разными суффиксами в зависимости от региона и традиции. Прохокина стоит в этом ряду особняком из-за редкого суффикса -ок- в основе, который не дал фамилии массового распространения.