Фамилия Протаковские (в исходной мужской форме — Протаковский) образована по типичной для украинских и польских земель модели от личного прозвища Протак. Суффикс -ский изначально указывал на принадлежность человека к месту или роду, но в данном случае он закрепился за наследником человека с этим прозвищем, превратив его в родовое имя. Основа фамилии — глагол «протакать», который в старину означал «поддакивать, не имея своего мнения», а также «потерять что-то из-за угодливости».

Смысл прозвища хорошо передаёт поговорка, которую приводили в словарях: «Новгородцы такали-такали, да Новгород и протакали» — так говорили о покорении Новгорода, когда бояре своими уступками и соглашательством довели дело до потери независимости. То есть Протаком в народе могли назвать человека уступчивого, нерешительного, который постоянно поддакивает другим в ущерб себе. Впрочем, не исключено, что прозвище носило и ироничный оттенок — так могли окрестить болтливого собеседника, который любит вставлять «так, так» в чужой разговор.

Позже прозвище Протак, закрепившись за потомками, полностью вытеснило первоначальное крестильное имя в быту и документах. Так появилась фамилия Протаковский. Форма Протаковские — это множественное число или обозначение целого рода, что характерно для восточнославянской традиции, когда о семье говорили «Протаковские поехали», «дом Протаковских». О точном месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования таких фамилий шёл несколько столетий, а носители могли расселиться от Поднепровья до западных губерний Российской империи. Тем не менее, фамилия Протаковский — живой памятник славянской речи, сохранивший в себе редкий глагол, который сегодня почти вышел из употребления.