Фамилия Протаковский относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от личного прозвища. Так, фамилия Протаковский ведет свое начало от прозвища Протак. Прозвище Протак восходит к глаголу «протакать» - «поддакивать, не говоря своего», «потерять, утратить, угодничая перед кем». Так, в старину говорили: «Новгородцы такали-такали, да Новгород и протакали (об уничтожении веча новгородского, или о покорении Новагорода)». Следовательно, прозвище Протак указывало на особенности характера человека. Позже прозвище Протак, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. В результате чего это прозвище стало основой для фамилии Протаковский. О точном месте и времени возникновения фамилии Протаковский в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Протаковский представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.