Фамилия Протаковський звучит скорее как украинская или польская, чем как великорусская. Её выдает суффикс -ський (в русской передаче -ский), который в восточнославянских землях чаще всего указывал на происхождение из определенного места или на принадлежность к шляхте. В отличие от русских фамилий на -ов или -ин, которые образовывались от имени отца или прозвища, фамилии на -ский в XVI–XVIII веках активно формировались у украинской казацкой старшины и польской мелкой шляхты по названию их владений или усадеб.

Основа фамилии — «Протаки» или «Протаков». Это могло быть название хутора, села или урочища. В украинской топонимике встречаются названия вроде Протаки, Протаковка. Если такой населенный пункт существовал, то Протаковський — это буквально «тот, кто из Протаков». Вторая, более прозрачная версия, отсылает к личному имени или прозвищу Протако. В основе может лежать греческое имя Протасий (редкое, но известное в святцах), которое в народной речи могло дать форму Протак. Суффикс -ов в таком случае указывает на принадлежность: Протаков — сын или человек Протака, а -ский добавляет уже шляхетский оттенок.

Третий вариант, самый спорный, но возможный для прозвища, — связь с глаголом «протикати» (протекать) или существительным «протока». В говорах «протак» могли назвать человека, живущего у протоки, либо того, кто постоянно «протекает» в переносном смысле (например, не держит язык за зубами). Однако для фамилии на -ський такая бытовая основа менее характерна: обычно прозвищные фамилии на Украине оформлялись суффиксами -енко, -ук, -чук, а не -ський. Поэтому версия с географическим названием или с именем Протасий выглядит убедительнее.

Носители фамилии Протаковський встречаются в основном на западе и в центре Украины, особенно в исторических регионах Волыни и Подолья, где была распространена модель фамилий на -ський среди православной шляхты и зажиточных крестьян. В сословном отношении предки, скорее всего, не относились к крупным магнатам, а были мелкопоместными землевладельцами или казаками, получившими фамилию по своему хутору. В русских переписях фамилия редка, что подтверждает её четкую западнорусскую привязку.