Фамилия Проточенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала доминирующей на Левобережной Украине. Суффикс -енко изначально имел значение «сын» или «потомок», то есть Проточенко — это буквально «сын Проточенка» или, что вероятнее, «сын (потомок) человека по прозвищу Проток». Основа фамилии — «проток» или «протока», то есть ответвление реки, рукав, узкий водный проход. Это слово широко бытовало в южнорусских и украинских говорах.

Прозвище Проток могли дать человеку, жившему у протоки, либо тому, кто занимался ловлей рыбы именно в таких местах. Возможен и переносный смысл: в говорах «проток» мог означать узкий проход, лаз, и прозвище давали худощавому или юркому человеку. Менее вероятна, но допустима связь с глаголом «проточить» (сделать отверстие, источить) — такое прозвище мог получить точильщик или мастер по изготовлению желобов.

В ономастике фамилия Проточенко стоит особняком: у неё нет массовых «двойников» вроде Протоков или Протокин. Это указывает на локальное происхождение — скорее всего, из одной или нескольких соседних местностей, где прозвище Проток было в ходу. Географически фамилия тяготеет к южным областям России и востоку Украины (Харьковщина, Слобожанщина), что подтверждается данными современных справочников.

Важно не путать Проточенко с фамилией Протасенко, где основа — имя Протасий. Здесь же корень прозрачный и «говорящий», связанный с водным ландшафтом. Если предки Проточенко были не казаками или крестьянами, а, скажем, мещанами, то прозвище могло закрепиться за владельцем мельницы на протоке. Но точных сословных данных по этой фамилии нет, и гадать о дворянстве или духовенстве без документальных подтверждений не стоит.