Фамилия Протценко — одна из тех, что сразу выдают украинское происхождение. Её выдает суффикс -енко, который в XVI–XVII веках в Поднепровье стал главным маркером фамилий. Первоначально он означал «маленький» или «сын»: Протценко — буквально «маленький Протца» или «сын Протцы».

Корень фамилии — Протц- — это не что иное, как сокращённая, обиходная форма крестильного имени Протасий. В народе такие имена часто усекали и добавляли ласкательный суффикс: Прот → Протко → Протец → Протца. Получалось, что Протценко — это потомок человека по имени Протасий. Имя это древнегреческого происхождения (от «протос» — первый), но на Руси и в Малороссии оно было редким. Встречалось в основном среди духовенства и казацкой старшины, что намекает на возможный социальный статус носителя основы.

Встречается ещё одна, менее вероятная версия: связь с немецкой фамилией Protz (от слова «протц» — хвастун, гордец). Однако в украинской среде такое заимствование маловероятно, а суффикс -енко прочно привязан к восточнославянской ономастике. Поэтому версия с Протасием выглядит единственно убедительной.

Географически фамилия Протценко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Харьковской. Там фамилии на -енко в XVII–XVIII веках буквально вытеснили другие модели. В русских переписях фамилия встречается редко, чаще — как результат миграции украинцев на Кубань, Дон или в Сибирь.

Интересная деталь: написание через ц (Протценко) — не ошибка, а диалектная или канцелярская особенность. В старых метрических книгах можно найти варианты Проценко, Протценко и даже Протцѣнко. Сдвоенное «ц» могло возникнуть под влиянием польской или немецкой орфографии, где удвоение согласной передаёт твёрдость произношения.

Таким образом, носитель фамилии Протценко почти наверняка ведёт род от украинского казака или крестьянина, чьего предка звали Протасий. В повседневной жизни его называли сокращённо — Протца, а его детей, по местной традиции, стали звать Протценками.