Фамилия Проухин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с характером или поведением человека, а не с профессией или именем. Корень здесь — «проух» или «проуха». В русских говорах «проух» означало «пройдоха», «ловкач», «плут» или «проныра». Человек, получивший такое прозвище, видимо, умел выкручиваться из любых ситуаций, был хитёр и изворотлив. В некоторых диалектах слово имело и более нейтральный оттенок — «расторопный», «шустрый», так что не обязательно речь шла о мошеннике.

Модель образования простая и типичная для центральной России: к основе на твёрдый согласный «х» добавили суффикс принадлежности -ин. Получилось «Проухин» — сын Проуха, то есть потомок человека с таким прозвищем. Фамилия стоит в одном ряду с однокоренными, но гораздо более редкими аналогами — Проухов, Проуховский, Проушин. Интересно, что суффикс -ин здесь указывает на то, что прозвище было мужским и оканчивалось на согласный, а не на -а или -я, как, например, в фамилиях Проухин (от Проуха) и Проушин (от Проуша).

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России. По данным переписей и архивных записей, Проухины встречаются в Вологодской, Архангельской, Костромской и Кировской областях. Это зона бытования севернорусских говоров, где слово «проух» фиксировалось лексикографами. Встречается фамилия и в Сибири, но это, скорее всего, результат переселения крестьян в XIX — начале XX века.

Споров о происхождении почти нет. Альтернативная версия — связь с древнерусским именем Прохор (усечённая форма Прох) — маловероятна. От имени Прохор образовались бы фамилии Прохоров, Прохорин, Прохоркин, но не Проухин. Фонетический переход «хор» в «ух» нехарактерен для русского языка. Поэтому версия с прозвищем от «проух» остаётся основной и самой убедительной.

Сословная принадлежность у Проухиных типична для большинства русских фамилий с таким суффиксом: это крестьяне и мещане. В дворянских родословных книгах фамилия не значится. В XIX веке Проухины, судя по исповедным ведомостям, чаще всего числились государственными крестьянами, то есть лично свободными, но приписанными к казённым землям.