Фамилия Прпаов — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает происхождение. Перед нами не типичная славянская модель, а пример того, как при записи фамилии по звучанию исчезли гласные. Скорее всего, в основе лежит прозвище или имя, которое в устной речи звучало как «Порпа» или «Парпа». Буква «р» в русском языке часто образует слогообразующие сочетания, поэтому при быстром произношении «Порпа» могло превратиться в «Прпа». Фамилия образована по самой распространённой модели — с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «сын Прпа» или «из рода Прпа».

Корень «Прпа» не имеет прямого значения в русском языке. Это заставляет искать его истоки за пределами великорусских говоров. Вероятнее всего, перед нами адаптация тюркского или финно-угорского имени. В тюркских языках существует имя «Парпа» (вариант «Барпа»), которое могло означать «щедрый», «обильный», либо быть производным от слова «бар» — «есть, имеется». В финно-угорской среде, например, в коми или удмуртском, встречаются прозвища, созвучные «Прпа», которые могли относиться к человеку с особенностью речи (картавый) или к тому, кто жил у реки с похожим названием.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: фамилия могла возникнуть из-за ошибки писаря. При переписи населения в XVII–XIX веках неграмотный крестьянин мог назвать себя «Порфиров» (от имени Порфирий), а писарь, не расслышав, записал сокращённый вариант. Однако против этого говорит то, что в документах фамилия Прпаов встречается крайне редко и не имеет массового распространения, характерного для искажённых церковных имён.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где проходили активные контакты славян с тюркскими народами: Поволжье, Приуралье, южные степи. Встретить Прпаова можно скорее в Татарстане, Башкортостане или Оренбургской области, чем в центральной России. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьян или однодворцев, которые получили фамилию по прозвищу предка, данному за внешность, характер или род занятий.

Из-за редкости фамилии её этимология остаётся предметом догадок, но основная версия — тюркское имя Парпа, записанное на слух как Прпа, с последующим добавлением русского патронимического суффикса. Это типичный пример того, как фамилия хранит память о межэтнических контактах, которые были обычны на окраинах Русского государства.