Фамилия Прценко — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает корень. В ней нет ни одной гласной между первыми четырьмя согласными, что сразу настораживает: либо это результат упрощения в документах, либо украинская фонетика, где в некоторых говорах редуцированные гласные выпадали на письме. Скорее всего, исходная форма — Проценко или Порценко. Если это Проценко, то основа — имя Проць, народная форма канонического Прохор (от греческого «пляшущий, предводитель хора»). Если Порценко — от Порфирий (пурпурный, багряный) или от прозвища Порць (возможно, связанного с польским porcja — доля, паёк, или диалектным «портить»).

Суффикс -енко типичен для украинской фамильной модели: он указывал на сына или потомка человека, названного в основе. То есть Прценко — буквально «сын Проця» или «сын Порця». Такая модель активно складывалась на Левобережной и Слободской Украине в XVI–XVII веках, когда фамилии на -енко вытесняли более ранние отчества и прозвища. Географически фамилия с таким написанием встречается в основном в центральных и восточных областях Украины, а также в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне.

Нельзя исключать и версию, что корень — Парц- или Перц-, но тогда фамилия выглядела бы как Парценко или Перценко. Отсутствие гласной в первом слоге — скорее всего, ошибка писаря или позднейшая запись «на слух», когда безударный звук почти не слышался. Так что носитель фамилии Прценко может смело считать себя потомком человека по имени Прохор или Порфирий, чью фамилию слегка «съело» время и канцелярская небрежность.