Фамилия Прыгушин — живой памятник русской прозвищной традиции, и её происхождение угадывается без словаря. В основе лежит личное имя или прозвище Прыгуша, которое напрямую связано с глаголом «прыгать». Так на Руси могли назвать и резвого ребёнка, который не ходил шагом, а только скакал, и взрослого человека, чья подвижность и энергичность бросались в глаза. Суффикс -уш- в основе придаёт слову ласкательный, уменьшительный оттенок, что типично для домашних, семейных прозвищ, которыми награждали в кругу близких.

Сама фамилия образована по классической русской модели с суффиксом -ин, который присоединялся к основам на -а/-я. Это один из самых древних и распространённых типов русских фамилий, указывающий на принадлежность: Прыгушин буквально означает «сын Прыгуши», «чей-то из семьи Прыгуши». Такая модель, как отмечал Б. Унбегаун в своих работах по русской ономастике, исторически конкурировала с патронимическим суффиксом -ов, но закрепилась именно за именами и прозвищами с конечной гласной.

Интересно, что фамилия Прыгушин сохранила в себе архаичную народную основу, которая не перешла в литературный язык как самостоятельное имя. В отличие от церковных календарных имён, мирские прозвища вроде Прыгуши были частью повседневного обихода и часто вытесняли крестильное имя в быту. Поэтому фамилия может рассказать о характере предка больше, чем официальные документы той эпохи.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и Прыгушины могли появиться независимо в разных регионах. Однако можно предположить, что фамилия чаще встречалась там, где были распространены говоры с живой, образной лексикой, — в центральных и северных русских землях. Стоит отметить и редкий для современных фамилий корень: однокоренные Прыгунов, Прыгалов, Прыжков существуют, но Прыгушин выделяется именно ласкательной формой основы, что делает её особенно «домашней» по звучанию.