Фамилия Прюги — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает прозвищный. Скорее всего, перед нами не русская, а немецкая или прибалтийская фамилия, занесённая в Россию в ходе исторических миграций.

Основа фамилии — топоним Прюг (Prugge, Prügge) или Прюген (Prügen). Такие названия встречаются в исторических областях расселения немцев: в Восточной Пруссии, Померании, а также в землях, где жили балтийские немцы. Например, деревня Прюген (Prügen) существовала в районе Штаргарда (ныне Польша), а Прюгге — в Вестфалии. В этом случае носитель фамилии — выходец из такого места, а сама фамилия образована по модели «название поселения + окончание -и» (как в польских и немецких фамилиях на -и: Варшавски, Познаньски). Окончание -и в русской записи — это калька с немецкого или польского суффикса принадлежности, указывающего на происхождение: «из Прюга».

Менее вероятна, но допустима версия от прозвища. В нижненемецких диалектах слово «Prügge» означало «мост» или «настил из брёвен». Прозвище мог получить мостостроитель или человек, живший у моста. Однако в русском языке такое прозвище не прижилось бы без адаптации, а фамилия Прюги — явно не адаптированная, а заимствованная в готовом виде.

Словообразовательная модель нехарактерна для исконно русских фамилий. В русской традиции фамилии на -и (вроде Борзых, Глухих) образуются от прилагательных во множественном числе родительного падежа и типичны для севера и Сибири. Но Прюги — не прилагательное, а существительное, и суффикс -и здесь, скорее всего, иноязычный. Поэтому фамилию стоит рассматривать в контексте немецкой ономастики, а не русской.

В России фамилия встречается точечно, преимущественно в городах, куда в XVIII–XIX веках переселялись немецкие колонисты: Поволжье, Санкт-Петербург, Прибалтика. Носители могли быть ремесленниками, крестьянами или мелкими чиновниками, но сословная принадлежность по одной фамилии не определяется — слишком мала выборка и размыта история.

Деталь, которая отличает эту фамилию от сотен других: в актах XIX века она могла записываться двояко — Прюги или Прюгге, в зависимости от того, передавали ли двойную «г» на письме. Встречается также вариант Прюкки — ошибочная транслитерация, когда немецкое ü заменяли на «ю», а g на «к» из-за непривычного звучания.