Фамилия Пшонченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках закрепилась в Левобережной Украине и затем распространилась по всей Российской империи. Суффикс -енко в украинской ономастике традиционно означал «сын» или «потомок»: Пшонченко — буквально «сын Пшонки» или «маленький Пшонка». Это так называемые патронимические фамилии, которые формировались от прозвища или имени отца.

Основа «Пшон-» вызывает несколько версий происхождения. Самая прямая — от слова «пшонка» (уменьшительное от «пшоно», то есть пшено). В украинских говорах «пшонка» могла означать не только крупу, но и прозвище человека с мелкими чертами лица, светлыми волосами или даже того, кто торговал пшеном. Менее очевидная, но возможная версия — связь с диалектным «пшон» (пшеница) в некоторых южнорусских и украинских говорах. Третья версия, более редкая, выводит основу от имени Пшоня — гипокористической формы от православного имени Парфений (через народную форму Паршеня или Пшоня). В этом случае Пшонченко — потомок Пшони, что тоже укладывается в патронимическую модель.

Географически фамилия Пшонченко почти целиком привязана к Украине: основные скопления — в Полтавской, Черкасской, Киевской и Сумской областях. В России она встречается редко и, как правило, у потомков переселенцев с Украины конца XIX — начала XX века. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется в основном среди крестьян и казаков, что типично для украинских фамилий на -енко: они не были привилегией дворянства, а охватывали все сословия.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: корень «пшон-», суффикс «-к-» (в прозвище Пшонка) и финальный патронимический суффикс «-енко». Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Пшонче́нко, хотя в некоторых диалектах возможно смещение на первый. В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит женщине, и склоняется по образцу существительных второго склонения для мужчин.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Пшонченко стоит в одном ряду с Пшонником, Пшониным, Пшонко, Пшоня. Все они восходят к той же основе, но различаются суффиксальными моделями: -ин — русский вариант, -ко — украинское окончание без патронимического суффикса, -ник — указание на род занятий (пшеничник, торговец). Пшонченко же — классический пример украинской фамильной модели, которая сообщает нам, что её первый носитель был сыном человека по прозвищу Пшонка.