Фамилия Пудуракинов — редкая и неочевидная с точки зрения корня. Скорее всего, перед нами не русская, а искусственно русифицированная фамилия, образованная от иноязычной основы. В пользу этого говорит суффикс -ов, типичный для русских фамилий, и нехарактерное для славянских языков сочетание звуков в корне «Пудурак-».

Первое, что бросается в глаза, — это сходство с тюркскими или кавказскими словами. Основа «пудурак» может быть искажённым вариантом тюркского «будур» или «будурак» — в некоторых тюркских языках это слово означает «рябчик» (птица) или «пёстрый, крапчатый». Прозвище Пудурак могли дать человеку с рябым лицом, веснушками или просто за пёструю одежду. В тюркской ономастике такие прозвища часто становились фамилиями при переселении в русскоязычную среду.

Вторая версия — греческое происхождение. В греческом языке есть слово «πουδράκι» (пудраки) — уменьшительное от «пудра», то есть «порошок» или «мелкий песок». Это могло быть прозвище мельника, торговца мукой или человека, работавшего с сыпучими материалами. Греческие фамилии на -и, -ки при русификации часто получали суффикс -ов: Пудураки → Пудуракинов.

Третья, менее вероятная, но возможная версия — связь с румынским или молдавским словом «pudură» (пудурэ) — «лесная чаща, бурелом». В таком случае прозвище Пудурак мог получить житель глухого леса или лесник.

Фамилия практически не встречается в исторических документах и современных справочниках — это говорит о её крайней локальности. Вероятно, она возникла в среде переселенцев из Причерноморья, Крыма или Северного Кавказа, где смешивались русские, греческие и тюркские фамильные традиции. Носители фамилии Пудуракинов, скорее всего, происходят из небольшой этнической группы, которая в XIX–XX веках перешла на русский язык и фамильную модель.

Ударение в фамилии, судя по структуре, падает на последний слог: Пудураки́нов.