Фамилия Пуфьегрин — редкий случай в русском ономастиконе, который сразу ставит перед исследователем вопрос: русская ли она по происхождению? В ней нет ни одного типичного для русских фамилий суффикса (-ов, -ев, -ин, -ский, -их). Окончание -ин в данном случае скорее всего не суффикс, а часть корня, что делает фамилию необычной по своей словообразовательной модели.

Самая вероятная версия — фамилия имеет французские корни. Основа «Пуфье» может восходить к французской фамилии Puffier или Pouffier, а вторая часть «грин» — к Grin или Green (что может быть как французским, так и английским вариантом). В таком случае Пуфьегрин — это двойная фамилия, записанная в русском делопроизводстве слитно. Подобные случаи встречались среди дворянских родов или обрусевших иностранцев, особенно после Отечественной войны 1812 года, когда в России осело много французов (гувернёров, ремесленников, военнопленных).

Вторая, менее вероятная версия — искусственное происхождение фамилии. В семинарской среде, где будущим священникам давали фамилии из латинских или греческих слов, могли сконструировать нечто подобное, но для Пуфьегрин не находится очевидного латинского корня. Скорее всего, это не семинарская фамилия, а бытовая запись прозвища или иностранной фамилии на слух.

Географически фамилия почти не встречается в современных базах данных, что говорит о её крайней малочисленности. Если предки носителя были выходцами из Франции, то они могли быть либо военными (в русской армии служило много французских эмигрантов-роялистов), либо специалистами (поварами, кондитерами, учителями). Вариант с английским «Green» (зелёный) менее вероятен, так как для английских фамилий в России была более характерна передача через «Грин» без дополнительных частей.

Единственная деталь, которая выделяет эту фамилию из ряда похожих, — её необычная структура. В русской традиции фамилии редко состоят из двух явных корней, соединённых без суффикса. Пуфьегрин стоит в одном ряду с такими редкими двукорневыми фамилиями, как Дювернуа или Бонч-Бруевич, но в отличие от них не имеет дефиса. Это может указывать на то, что фамилия записывалась уже в XIX веке человеком, который не осознавал её двойной природы, либо была дана при крещении по прозвищу, которое позже забылось.