Фамилия Пуфка — редкий случай, когда прозвище стало фамилией почти без изменений, без типичных фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Такая модель (чистая основа) в русской традиции встречается редко и обычно указывает на украинское, белорусское или южнорусское происхождение, либо на то, что фамилия закрепилась в позднее время, уже в XIX–XX веках, когда люди могли записать фамилию так, как слышали.

Основа — слово «пуфка». В русских говорах так называли нечто пухлое, вздутое, мягкое. «Пуф» — это и предмет мебели (низкое мягкое сиденье), и звукоподражание чему-то лёгкому и воздушному. Прозвище Пуфка могли дать человеку по внешности — полному, круглолицему, с мягкими чертами, либо по характеру — незлобивому, «пушистому», неконфликтному. В некоторых диалектах «пуфка» означала также небольшой мешочек, кисет, так что не исключён и бытовой вариант: прозвище мог получить мастер, шивший такие мешочки, или торговец.

Второй, менее очевидный вариант — фамилия образована от имени или прозвища Пупка (с озвончением глухого «п» в «б» или с утратой начального звука). «Пупка» — уменьшительное от Пуп, а в старину «пупом» в шутку называли низкорослого или круглого человека. Но это лишь гипотеза: исходная форма Пуфка записана именно с «ф», а не с «п», что говорит в пользу звукоподражательного или описательного происхождения.

Географически фамилия не привязана к одному региону — встречается точечно, единичными семьями, в основном на западе России, в Беларуси и на Украине. В дореволюционных переписях и метриках она почти не фиксируется, что подтверждает её позднее оформление. Носителей Пуфки мало, и это делает фамилию ценной для тех, кто ищет свои корни: каждое упоминание — почти уникальная зацепка.