Фамилия Пуглаченко образована по распространённой в украинской и южнорусской ономастике модели с суффиксом -енко. Этот суффикс (уменьшительно-патронимический) в XVI–XVII веках активно использовался на землях Речи Посполитой и Гетманщины для обозначения потомка: Пуглаченко — буквально «сын Пуглача» или «маленький Пуглач». Сейчас фамилия встречается в основном на Украине и в приграничных областях России, что подтверждает её восточнославянское происхождение.

Основа фамилии — прозвище Пуглач. Его корень — «пуг-», связанный с глаголом «пугать». Пуглачём в народе называли либо пугливого, боязливого человека, либо, наоборот, того, кто любил пугать других, подшучивать. В диалектах русского и украинского языков встречаются однокоренные слова: «пугало» (огородное чучело), «пугач» (филин, чей крик считался зловещим), «пугать» (страшить). Скорее всего, прозвище относилось к человеку с пугливым характером или к тому, кто имел привычку внезапно окликать и пугать окружающих.

Менее вероятна, но возможна связь с украинским «пугач» в значении «филин». В таком случае прозвище могло указывать на внешность (большие глаза, взъерошенность) или на образ жизни (ночной, скрытный). Однако для филина чаще использовали прозвище Сова или Пугач, а форма Пуглач звучит как производная от глагола, а не от названия птицы.

В писцовых книгах и реестрах XVII–XVIII веков фамилия Пуглаченко не фиксируется, что типично для фамилий на -енко, которые долго оставались в устном обиходе. Первые письменные упоминания, вероятно, относятся к метрическим книгам XIX века. Социально носители фамилии были преимущественно крестьянами или казаками, поскольку суффикс -енко характерен для непривилегированных сословий левобережной Украины.

Сравните с однокоренными фамилиями: Пугачёв (русская, с суффиксом -ёв), Пугач (украинская, без патронимического суффикса), Пуглачёв. Пуглаченко стоит в ряду с такими же прозвищными фамилиями, как Боязненко, Страшенко, но отличается редкой основой: Пуглач — нечастый вариант, не закрепившийся в литературном языке.