Фамилия Пукрянников — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, диалектное прозвище. В отличие от распространённых «Ивановых» или «Кузнецовых», этот род встречается нечасто, и его носители в основном сосредоточены в центральных и южных регионах России, особенно в бывших Курской, Воронежской и Тамбовской губерниях.

Корень «пукр» — тёмный и неоднозначный. Самая вероятная версия отсылает к южнорусскому диалектному глаголу «пукрять» или «пукрить», который означал «морщить», «съёживать», «топорщить». Прозвище Пукрянник могли дать человеку с необычной привычкой морщиться, с кудрявыми или встрепанными волосами (от слова «пук» — пучок, клок), либо тому, кто ходил в неопрятной, скомканной одежде. Суффикс «-янник» в этом случае указывает на носителя признака: Пукрянник — тот, кто «пукрит», то есть морщится или ходит взъерошенным.

Есть и более прозаичная версия, связанная с ремеслом. В некоторых говорах «пукля» — это вид складки, сборки на одежде, а «пукрять» — делать такие складки. Тогда Пукрянников — потомок портного или швеи, специализировавшегося на драпировке и сборках. Эта гипотеза менее распространена, но имеет право на существование, поскольку фамилии от названий профессий — массовое явление.

Фамилия образована по стандартной русской модели «-ов» от прозвища, оканчивающегося на «-яник». Сначала было прозвище Пукрянник, затем оно закрепилось в документах как Пукрянников — «сын Пукрянника». Форма с двойным «н» (Пукрянников, а не Пукряников) закономерна: суффикс принадлежности «-ов» присоединился к основе «Пукрянник-», сохранив оба «н».

В дореволюционных переписях фамилия почти не фиксируется — это указывает на её позднее оформление, вероятно, в XIX веке, и на крестьянское или мещанское происхождение. Дворянских родов с такой фамилией не известно. В советское время носители Пукрянниковых встречались единично, в основном в сёлах Черноземья.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Пукряев, Пукрин) показывает, что основа «пукр-» всегда связана с чем-то неровным, кудрявым или сборчатым. Никаких тюркских или финно-угорских корней здесь нет — это чисто русское диалектное слово, вышедшее из активного употребления.