Фамилия Пумпинец — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней отчётливо выделяется суффикс -ец, который в русской и украинской ономастике чаще всего указывает на принадлежность человека к определённому месту или на его характерную черту. Однако основа «Пумпин-» не является ни распространённым именем, ни очевидным географическим названием.

Самая вероятная версия связывает фамилию с профессией или прозвищем. Слово «помпа» (насос) в русском языке известно с петровских времён, но в диалектах могло звучать как «пумпа». В таком случае Пумпинец — это «тот, кто работает с помпой»: водолаз, пожарный, мастер по откачке воды или даже человек, обслуживавший орга́н (воздушные мехи). Суффикс -ец здесь выполняет роль деятеля, аналогично фамилиям Кузнец, Стрелец, Гребец. Менее вероятно, хотя и не исключено, что в основе лежит диалектное слово «пумпель» (неуклюжий человек) или искажённое немецкое «Pumpen» (качать).

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, где суффикс -ец особенно продуктивен. Встречается она в основном на западе Украины (Волынь, Подолье) и в приграничных областях России (Брянская, Смоленская). Это позволяет думать, что предок носителя фамилии мог быть ремесленником, обслуживавшим водяные мельницы, или же получил прозвище за манеру работать «рывками, накачивая» (от «пыхать» — тяжело дышать, пыхтеть).

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Пумпинец стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Кованец (от коваль) или Тканец (от ткать). Она не дворянская и не крестьянская по происхождению — это типично ремесленная или прозвищная фамилия, которая закрепилась за человеком по роду его занятий или внешней особенности. Иных версий (от личного имени или названия села) пока не найдено, и в ономастических словарях она не фиксируется — что лишний раз подтверждает её локальный и профессиональный характер.