Фамилия Пуногина — женская форма фамилии Пуногин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, которое легло в основу мужского варианта. Основа «Пуног-» звучит необычно для русского уха, и это сразу подсказывает, что корень, скорее всего, не славянский, а заимствованный или диалектный.

Самый вероятный путь — от тюркского или финно-угорского имени или прозвища. В тюркских языках есть слово «бунак» или «пунак» — «слабый», «хилый», «нежный». В переносном смысле так могли назвать болезненного или, наоборот, изнеженного ребёнка. Другая версия — от диалектного глагола «пу́ногнуть» (устать, выбиться из сил), который встречается в северных и сибирских говорах. Тогда Пунога — человек, который быстро устаёт или ленив. Третья, более редкая гипотеза — связь с коми-зырянским «пун» (конец, край) или «пуны» (варить), но это менее убедительно, так как суффикс -ог- нехарактерен для этих языков.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Пуногин, то есть сын Пуноги. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я (ср. Пунога → Пуногин). Географически фамилия редкая, и её очаги, по данным современных справочников, тяготеют к Вологодской, Архангельской областям и Удмуртии. Это косвенно подтверждает версию о финно-угорском или севернорусском диалектном корне.

Важно не путать Пуногиных с однозвучными фамилиями вроде Пунагин или Пунин — у них другая основа. В писцовых книгах XVII века фамилия не зафиксирована, что говорит о её относительно позднем оформлении, скорее всего в среде крестьян или посадских людей. Сословно предки Пуногиных, вероятно, были государственными или помещичьими крестьянами, которые получили фамилию по уличному прозвищу после реформ XVIII–XIX веков.

Итог: фамилия Пуногина хранит память о прозвище далёкого предка — возможно, слабого здоровьем, медлительного или просто получившего прозвище по диалектному слову, которое сегодня почти забыто.