Фамилия Пупиндер — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует отойти от привычных схем. В ней нет славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, а окончание -ер наводит на мысль о западном, скорее всего немецком, происхождении. Основа «Пупин-» могла появиться из немецкой фамилии Puppendahl или Puppendorf, где Puppe означает «кукла», а Dorf — «деревня». В таком случае первоначальное значение — «кукольная деревня» или прозвище человека, оттуда родом. Однако в русском языке фамилия могла переосмыслиться: «пупиндер» легко связать с диалектным глаголом «пупить» (пучить, выпячивать) или с «пупом» — центром, пуповиной. Тогда прозвище Пупиндер дали бы человеку с заметным животом или тому, кто был «пупом земли» в своей общине.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная, — искусственное происхождение. В XIX веке в семинариях или при выдаче паспортов крестьянам могли присвоить фамилию по случайному созвучию с иностранным словом. Например, от немецкого «Pfund» (фунт) или через искажение фамилии Попов (Пупов → Пупиндер) под влиянием моды на «благородные» окончания. В пользу этого говорит редкость фамилии: она не встречается в старых переписях и сословных списках, а её носители, судя по современным данным, сосредоточены на западе России и в бывших немецких колониях Поволжья. Там, где в XVIII–XIX веках селили выходцев из Германии, фамилии на -ер (Шнайдер, Циммерман) были нормой, и Пупиндер могла быть русифицированным вариантом немецкой фамилии, утратившей исходный смысл.

Социальный контекст фамилии — скорее крестьянский или мещанский. Если это немецкий след, предки были колонистами-земледельцами или ремесленниками. Если же славянская основа — прозвище дали в среде, где ценили меткие характеристики внешности или поведения. Спор между версиями решает география: фамилия почти не встречается в центральных русских областях, но фиксируется в Поволжье и Прибалтике, что склоняет чашу весов к немецкому корню. В любом случае, Пупиндер — фамилия-загадка, где за простым звучанием стоит либо потерянный топоним, либо диалектная шутка.