Фамилия Пупитзе — редкая и нестандартная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а западноевропейское или прибалтийское. В первую очередь обращает на себя внимание окончание «-тзе», которое совершенно нехарактерно для русской ономастики. В русском языке фамилии с таким финалом практически не образуются, что сразу указывает на иноязычную основу.

Наиболее вероятная версия — немецкое или голландское происхождение. В немецком языке существует фамилия Pütz или Putz, означающая либо «маляр, штукатур» (от глагола putzen — чистить, наводить порядок), либо «украшение, наряд». Суффикс «-tze» мог возникнуть при адаптации через польский или чешский язык (через окончание -ec, -ice), либо это искажённое написание немецкого «-tzer» (например, Pützer). Таким образом, Пупитзе — это, скорее всего, русифицированная форма фамилии переселенца-ремесленника, который мог быть маляром, штукатуром или декоратором.

Вторая, менее вероятная версия — балтийский след. В латышском или литовском языках встречаются фамилии с окончанием «-це» (как Пупице), которые могли быть записаны русскими чиновниками на слух как «Пупитзе». Однако для балтийских фамилий более типично окончание «-ис», «-ус» или «-айтис», так что эта гипотеза слабее.

Географически фамилия Пупитзе могла закрепиться на территориях, где исторически жили немецкие колонисты: в Поволжье, на юге Украины, в Прибалтике или в бывших польских губерниях Российской империи. Из-за редкости фамилии носителей немного, и в современных базах данных она встречается единично, что подтверждает её неассимилированный, пришлый характер.

По сути, фамилия Пупитзе — это живое свидетельство миграции: немецкое прозвище ремесленника, которое при переходе в русскую среду обросло необычным окончанием и сохранилось в почти неизменном виде.