Фамилия Пуссе — редкий случай в русском ономастиконе. Она почти не встречается в исторических документах и современных базах данных, что сразу наводит на мысль: перед нами не исконно русская фамилия, а заимствованная, либо сильно искажённая при записи.

Скорее всего, фамилия Пуссе имеет французские корни. Во французском языке «poussé» означает «толчок», «напор», а «pousse» — «росток», «побег». Фамилия могла возникнуть как прозвище энергичного, напористого человека или, наоборот, того, кто был невысок ростом, «недоросль». В России XVIII–XIX веков французские фамилии нередко носили гувернёры, учителя, артисты или обрусевшие потомки французских мастеров, приехавших по приглашению двора.

Менее вероятна, но теоретически возможна версия о немецком происхождении. В немецком диалектном «Pusse» — «мальчуган», «парень», а в некоторых областях — «лягушка». Такая фамилия могла закрепиться за переселенцами из немецких колоний на Волге или в Причерноморье. Однако форма «Пуссе» с ударением на последний слог (французское произношение) или на первый (немецкое) — вопрос открытый, и без живого носителя его не решить.

Словообразовательный анализ показывает, что фамилия стоит без типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это характерно для поздних заимствований или для фамилий, которые не прошли через стандартную русификацию в канцеляриях. Если бы фамилия была образована от прозвища Пус (например, от «пускать», «пустить» — человек, который пускает что-то в ход), то в русской среде она чаще всего приняла бы форму Пусов или Пусин. Вариант Пуссе — явный след иностранного написания.

Географически фамилия Пуссе в России практически не локализована. Встречается единичными случаями в Москве и Санкт-Петербурге, что подтверждает её «городское», а не крестьянское происхождение. Скорее всего, предки носителей этой фамилии не были крепостными, а принадлежали к разночинцам, мелкому дворянству или интеллигенции — тем, кто мог контактировать с иностранцами или сам был выходцем из Европы.