Фамилия Путынец — редкий пример, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии происхождения. Суффикс -ец в русских фамилиях чаще всего указывает на уроженца определённой местности: вологжанец, тверич, рязанец. Путынец — это человек, который родом из места с названием Путынь или Путыня. Такие топонимы встречаются на западе России, в частности в Псковской области, где есть деревня Путынь. Соответственно, предок носителя фамилии был выходцем оттуда, и прозвище «Путынец» закрепилось за ним как указание на родину, а затем перешло в фамилию.

Менее вероятная, но возможная версия отталкивается от слова «путы» — верёвки для связывания ног животных или оковы. В этом случае прозвище Путынец мог получить человек, который изготавливал путы, или тот, кто отличался медлительностью, «спутанностью» движений. Однако такая трактовка встречается редко: суффикс -ец в прозвищах по ремеслу или качеству характера нехарактерен для русской ономастики (обычно использовали -ник, -арь, -ун). Поэтому версия с названием населённого пункта выглядит гораздо убедительнее.

Фамилия Путынец не входит в число распространённых. Встречается она преимущественно в западных регионах России, на границе с Беларусью, а также среди потомков переселенцев из этих мест. В архивных документах XVII–XVIII веков носители фамилии могли записываться как крестьяне или однодворцы, жившие вблизи Псковщины. В современном написании фамилия сохранила исходную форму без изменений, что говорит о её позднем оформлении — уже после того, как закрепилась литературная норма.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Путынцев, Путин, Путилин — все они образованы от имени Путька (уменьшительное от Путислав или Путимир) или от слова «путь». Но Путынец стоит отдельно: в нём нет суффикса -ин или -ов, а есть именно -ец, что выдаёт его топонимическое происхождение. Так что, скорее всего, предок носителя этой фамилии был не «путником» и не «путаником», а просто человеком из Путыни.