Фамилия Пужикина — женская форма фамилии Пужикин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, от которого образована основа. Сама фамилия звучит редко и неочевидно, поэтому здесь возможны две основные версии, и обе заслуживают внимания.

Первая и самая прямая версия: основа «пужик» восходит к диалектному слову «пуга» или «пужить». В русских говорах «пужить» означало «пугать», «стращать», а «пуга» — пугало, огородное чучело или, в переносном смысле, пугливый человек. Тогда Пужика могли прозвать за боязливость, робость, или, наоборот, в насмешку — за склонность всех пугать. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Пужикин — «сын Пужики», то есть потомок человека с таким прозвищем. Такая модель типична для русских фамилий XVI–XVII веков.

Вторая версия менее очевидна, но лингвистически возможна: связь с глаголом «пузить» — «пыхтеть», «дуться», «надуваться» (от «пузо»). В этом случае Пужика — человек с большим животом, толстяк. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилии от физических особенностей (Пузиков, Пузанов) встречаются часто, а форма «Пужик» могла быть уменьшительно-пренебрежительным вариантом от «пузо» через чередование з/ж. Однако эта версия слабее: чередование «з/ж» в корне «пуз-/пуж-» нехарактерно для русских говоров, обычно там «пузо» и «пузатый» без перехода.

Географически фамилия Пужикин встречается крайне редко, в основном в центральных и северных областях России (например, в Вологодской и Костромской губерниях по данным XIX века), что косвенно поддерживает первую версию: в северных говорах слово «пужить» фиксируется чаще. Сословно — почти наверняка крестьянское происхождение: прозвища давали в деревнях, и фамилия закрепилась за одним родом, не получив широкого распространения.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Пугачёв (от «пугач» — пугало или крикливый человек) и Пужиков (от той же основы, но с другим суффиксом) — показывает, что корень «пуж-» в русской ономастике связан именно с пуганием, страхом, а не с телом. Поэтому версия с пугливостью или пугалом — основная.