Фамилия Пужинец — редкий пример, где суффикс несёт не меньше информации, чем корень. Модель образования на -ец указывает на прозвище по месту жительства или происхождению: так называли человека, который откуда-то родом. В данном случае основа — Пужа, Пуж или Пужин. Скорее всего, это название населённого пункта вроде Пужино, Пуж или Пужа, откуда выходец и получил прозвище Пужинец (то есть «житель Пужи»). Такие фамилии особенно характерны для западнорусских и украинских земель, где суффикс -ец активно использовался в прозвищах переселенцев.

Корень пуж- в русских говорах имеет два основных значения. Первое — «пугать», «страшить»: прозвище Пуж мог получить человек пугливый или, наоборот, тот, кто любил пугать других. Второе значение — диалектное «пужа» (или «пужка») в некоторых областях означает «сова», «пугач» (филин). Прозвище Пуж могли дать человеку с большими глазами, ночным образом жизни или хриплым голосом, напоминающим крик филина. Оба варианта правдоподобны, но топонимическая версия (от названия места) выглядит надёжнее: фамилии на -ец редко образуются напрямую от прозвищ без географической привязки.

Ономастический словарь Б. Унбегауна фиксирует модель на -ец как одну из типичных для фамилий украинского и белорусского происхождения, но в русской среде она тоже встречается, особенно на юге и западе. Фамилия Пужинец могла закрепиться за потомками крестьянина или казака, переселившегося из деревни Пужино (или аналогичного хутора) в другую местность. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская — дворянские фамилии чаще оформлялись суффиксами -ов/-ев или -ский.

В написании фамилии обращает на себя внимание окончание -ец, а не -ов: это сразу отличает Пужинца от более распространённых Пужиных и Пужевых. Подобные фамилии редко попадают в массовые справочники, поэтому точную географию бытования установить трудно. Можно предположить, что основные носители сосредоточены в Псковской, Смоленской или Брянской областях, а также на востоке Беларуси — там, где встречаются топонимы с корнем Пуж-.

Итог: Пужинец — фамилия-указатель на место, откуда родом предок. Если верить корню, то предок мог быть либо жителем небольшого селения с названием вроде Пужино, либо человеком, получившим прозвище за связь с пуганием (или с совой). Первая версия убедительнее благодаря суффиксу -ец, который в русской ономастике прочно связан с «географическими» прозвищами.